Для начала отключаем копирование в облако. Для этого заходим в настройки регулярного резервного копирования (Настройки - Инструменты - Резервное копирование - Регулярное резервное копирование). Тут на вкладке "Параметры" выбираем в качестве метода запуска "через прямой запуск /bitrix/modules/main/tools/backup.php". И сохраняем. Дальше на сервере нам нужно добавить на крон выполнение данного файла с нужной нам периодичностью.
Я рассматриваю с точки зрения работы на битриксовом веб-окружении, но смысл от этого не меняется. Открываем файл с командами cron:
vi /etc/crontab
и в него добавляем строку запуска:
10 23 * * 5 bitrix /usr/bin/php /home/bitrix/ext_www/domain.ru/bitrix/modules/main/tools/backup.php >/dev/null 2>&1
В данном случае периодичность задана один раз в неделю, вы же ставите так, как вам нужно.